Museum Tani Jawa Indonesia merupakan museum khusus yang pendiriannya digagas oleh Kristya Bintara yang pada saat itu menjadi Lurah Desa Kebonagung tahun 1998. Pendirian museum ini diawali dengan dibentuknya desa wisata pendidikan yang berbasis pertanian dan hampir mayoritas penduduk desa berprofesi sebagai petani. Pada tahun 2005 mulai dikumpulkan koleksi pertanian di rumah Joglo Bapak Subandi selaku Dukuh Kanten. Akan tetapi, bangunan tersebut runtuh pada tahun 2006 saat terjadi gempa bumi. Selanjutnya museum didirikan kembali di rumah Bapak Sarjono/ Purwowiyono di Candran dan diresmikan pada 4 Mei 2007.
Setelah diresmikan, museum kemudian segera memperbaiki koleksi-koleksi yang rusak akibat gempa bumi. Museum berada di bawah kepemilikan dan pengelolaan Yayasan Museum Tani Jawa Indonesia. Museum ini memiliki koleksi yang berkaitan dengan alat pertanian khususnya yang dipakai oleh masyarakat Yogyakarta. Museum ini seringkali menggelar acara yang berkaitan dengan pertanian seperti Festival Memedi Sawah dan berbagai lomba untuk umum.