Museum Sandi merupakan museum khusus yang didirikan atas prakarsa Kepala Lembaga Sandi Negara dan Sri Sultan Hamengkubuwono X pada tahun 2006. Pembangunan museum ini sempat terkendala bencana gempa pada Mei 2006, sebelum akhirnya diresmikan pada tahun 2008. Museum berada di bawah kepemilikan dan pengelolaan Lembaga Sandi Negara. Awalnya, museum ini berbagi gedung yang sama dengan Museum Perjuangan di Kawasan Mergangsang. Pada tahun 2014, museum ini pindah ke lokasinya sekarang di Kotabaru, menempati gedung lama milik AURI yang sudah tidak terpakai. Bangunan ini memiliki dua lantai dengan sembilan ruang display yang menyimpan berbagai benda bersejarah sejak masa perang kemerdekaan.
Pada masa Agresi Militer Belanda ke-2 di tahun 1948, Republik Indonesia hampir saja hilang dari sejarah. Militer Belanda berhasil menawan beberapa pemimpin Republik Indonesia, termasuk Ir. Soekarno dan Moehammad Hatta. Pada masa ini, Dr. Roebiono dan beberapa Code Officer (CDO) bawahannya berinisiatif membakar seluruh dokumen rahasia di Dinas Code sebelum jatuh ke tangan Belanda. Mereka pun menyebar ke berbagai daerah di Indonesia, memastikan keamanan komunikasi antara pemerintah darurat Mr. Sjarifoeddin Prawiranegara dengan berbagai pasukan gerilya di Indonesia. Salah satu lokasi pusat penyandian yang terkenal berada di Dusun Dukuh, Desa Purwoharjo, Samigaluh, Kulonprogo.