Museum “Dr. Yap Prawirohusodo” merupakan museum yang didirikan untuk mengenang pendiri Rumah Sakit Mata Dr. Yap, almarhum Dr. Yap Hong Tjoen dan Dr. Yap Kie Tiong. Berlokasi di Yogyakarta dan diresmikan oleh Sri Sultan Hamengku Buwono X pada tahun 1997.
Sebagian besar koleksi yang terdapat dalam museum ini adalah peninggalan almarhum Dr. Yap Hong Tjoen dan Dr. Yap Kie Tiong. Antara lain peralatan kedokteran mata, peralatan rumah tangga, foto, lukisan, buku dan barang-barang elektronik. Lukisan Dr. Yap Hoeng Tjoen menjadi salah satu koleksi andalan dari museum ini. Selain itu terdapat juga koleksi piring yang merupakan penghargaan dari surat kabar harian Kedaulatan Rakyat, diberikan kepada Dr. Yap atas jasanya memberi nama pada surat kabar tersebut. Total koleksi yang dimiliki oleh Museum R.S. Mata “Dr. Yap” ada sekitar 885 koleksi.
Museum “Dr. Yap Prawirohusodo” beralamat di Jalan Cik Ditiro No.5 dan terbuka untuk umum dengan waktu kunjungan mulai hari Senin hingga Jum’at, mulai pukul 09.00 WIB sampai 14.30 WIB. hari Sabtu jam 09.00-13.30 WIB. Terletak cukup strategis dan dapat diakses dari berbagai sarana transportasi: 5 Km dari Bandara Udara Adisucipto, 7 Km dari Terminal Bus Giwangan, dan 3 Km dari Stasiun Kereta Api Tugu.