Di Museum ini terdapat 3.447 koleksi dengan status kepemilikan titipan ada 15 jumlah koleksi. Benda-benda tersebut meliputi benda geologi, biologi, etnografi, arkeologi, sejarah, numismatik, keramik, fisiologi, seni rupa, peta, profil manusia, dan diorama.
Koleksi museum sebagian besar merupakan benda-benda etnografis seperti perlengkapan upacara, teknologi tradisional, peralatan seniman, keramik dan patung, juga terdapat berbagai macam buku-buku perpustakaan.
Visi museum ini adalah “Terwujudnya kebudayaan vascoviguratif Papua yang beradab dan lestari” dengan harapan adat budaya papua dapat menciptakan persatuan dan kesatuan serta mewujudkan kesejahteraan dan standar hidup yang lebih baik bagi masyarakatnya.
Di sini kita juga dapat menemukan oleh-oleh khas seperti ukiran Papua yang dapat dibeli di Pasir Hamadi, 4 Km dari pusat kota Jayapura ke arah selatan dan dapat ditempuh dengan semua jenis kendaraan. Ada beragam kuliner khas Papua dan makanan lokal di tempat ini.
Ada berbagai fasilitas tersedia meliputi ruang pameran tetap, pameran temporer, auditorium, perpustakaan, laboratorium, penyimpanan lokasi, ruang preparasi, ruang administrasi, kafetaria, audio visual, dan toilet tentunya.
Ada beragam koleksi tersimpan di sini meliputi benda geologi, biologi, serta benda etnografi yang seperti pakaian adat dan panah. Ada juga koleksi historika seperti sejarah lokal menyangkut pengetahuan masyarakat dan peninggalan sejarah yang menyangkut budaya orang Papua.
Temukan pula koleksi fisiologi seperti tulisan-tulisan kuno pada zaman dahulu. Tulisan tersebut terdapat di goa-goa dan di atas bebatuan. Koleksi lainnya, yaitu, mata uang di Papua, mata uang Belanda, Spanyol dan Portugis yang pernah digunakan di Irian Jaya sejak masa Hindia Belanda. Keramologi atau proselin atau piring besar yang digunakan sebagai alat pembayaran mas kawin, termasuk seni rupa patung, tifa dan lukisan-lukisan dari kulit kayu dan arca.