Papua adalah salah satu propinsi yang memiliki keragaman suku bangsa, sangat kaya dengan benda-benda budaya yang bernilai tinggi yang harus dijaga dan dilestarikan, sehingga generasi muda penerus bangsa dan budaya tidak kehilangan jejak terhadap peninggalan nenek moyangnya, baik dari segi wujud bendanya maupun dari cerita keberadaan dan kejayaannya di masa lalu dalam kehidupan mitologi masyarakat pendukungnya, yang merupakan salah satu identitas dari suatu komunitas.
Wujud nyata dari pelestarian budaya di Bumi Cenderawasih adalah telah didirikan beberapa museum di provinsi ini, salah satu diantaranya adalah Museum Loka Budaya yang didirikan pada tahun 1970 dan diresmikan oleh Prof. Dr. Ida Bagus Mantra pada tanggal 1 Oktober 1973.
Berdirinya Museum Loka Budaya merupakan hasil pikiran, perjuangan serta kerja keras dari berbagai pihak dan dalam menjalankan fungsinya, Museum Loka Budaya banyak mendapat bantuan terutama dari John D. Rockefeler di Amerika, Pemerintah Belanda, Arkeolog dan Antropolog yang pernah melakukan penelitian di Papua serta pemerintah melalui proyek-proyek Pelita.
Semula Museum Loka Budaya berada di bawah Lembaga Antropologi Universitas Cenderawasih. Akan tetapi dengan diberlakukannya Peraturan Pemerintah No. 5 tahun 1980 tentang Penataan Organisasi Perguruan Tinggi/Institut Negeri, maka lembaga Antropologi, khususnya bagian penelitian dilebur menjadi Pusat Penelitian Universitas Cenderawasih. Sedangkan Museum Loka Budaya tidak tertampung dalam struktur unit lainnya. Oleh sebab itu, pada tahun 1990 dikeluarkan Surat Keputusan Rektor tanggal 4 Juli 1990 nomor: 1698/PT.23.H/C/1990, yang menjadikan Museum Loka Budaya sebagai UPT (unit pelaksana teknis) berada di bawah pengawasan Rektor Universitas Cenderawasih.
Koleksi utama dari museum ini adalah benda-benda etnografi yang berasal dari 270-an suku di Papua yang terdiri atas: peralatan dapur; peralatan yang berhubungan dengan mata pencaharian hidup seperti peralatan bercocok tanam, berburu dan menangkap ikan; busana dan perhiasan tubuh; peralatan perang; peralatan membayar harta (mas kawin, denda,dll); benda-benda sakral; alat transportasi dan alat-alat musik.