Museum Manusia Prasejarah Gilimanuk merupakan museum khusus yang memamerkan temuan dari Situs Purbakala Gilimanuk. Situs Purbakala Gilimanuk ditemukan pada tahun 1962, yaitu dengan ditemukan berbagai peninggalan ketika pembuatan jalan dari hutan Cekik menuju Singaraja. Temuan-temuan tersebut dapat dikatakan bersifat arkeologis setelah dilaksanakannya tes menggunakan Radio Carbon Dating yang menunjukan bahwa Situs Purbakala Gilimanuk telah terdapat kehidupan Manusia Purba. Dari kegiatan ekskavasi pertama yang dilaksanakan mulai tahun 1963 yang dipimpin oleh Prof.Dr. R. P. Soejono, sampai terakhir tahun 2013 terkumpul hampir 140-an set rangka manusia beserta berbagai macam bekal kuburnya.
Untuk dapat menyimpan, merawat dan mempublikasikan hasil-hasil temuan Situs Gilimanuk, maka Pemerintah Kabupaten Jembrana mendirikan sebuah museum dengan menggunakan dana anggaran tahun 1993/1994 di lingkungan Asri, Kelurahan Gilimanuk, Kecamatan Melaya, Kabupaten Jembrana yang diberi nama Museum Manusia Prasejarah Gilimanuk. Koleksi yang dipajang di Museum Manusia Prasejarah Gilimanuk keseluruhan merupakan hasil temuan Situs Gilimanuk, kecuali beberapa peralatan berupa kapak-kapak batu berasal dari beberapa daerah situs purbakala yang ada di Bali.