Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta merupakan museum khusus. Setelah tahun 1977 pemerintah melalui Menteri Pendidikan dan Kebudayaan yang saat itu dijabat Dr. Daoed Joesoef atas persetujuan Sri Sultan Hamengkubuwono IX selaku pemilik, ditetapkan sebagai pusat informasi dan pengembangan budaya nusantara pada tanggal 9 Agustus 1980. Pada 16 April 1985 dipugar menjadi Museum Perjuangan dan dibuka untuk umum pada tahun 1987. Kemudian pada 23 November 1992 resmi menjadi Museum Khusus Perjuangan Nasional dengan nama Museum Benteng Yogyakarta. Bangunan bekas Benteng Vredeburg dipugar dan dilestarikan. Dalam pemugaran, bentuk luar masih tetap dipertahankan sedangkan bentuk bagian dalamnya disesuaikan dengan fungsi yang baru sebagai ruang museum.
Benteng Vredeburg pertama kali dibangun pada tahun 1760 atas perintah dari Sri Sultan Hamengkubuwono I dan permintaan pihak pemerintah Belanda. Dalih awal tujuan pembangunan benteng untuk menjaga keamanan keraton. Akan tetapi, maksud sebenarnya adalah untuk memudahkan pengawasan pihak Belanda terhadap segala kegiatan yang dilakukan pihak keraton Yogyakarta. Pada masa selanjutnya, Gubernur Belanda W.H. Van Ossenberg mengusulkan agar benteng ini dibangun lebih permanen dengan maksud keamanan yang lebih terjamin. Pada tahun 1767, pembangunan benteng dilakukan di bawah pengawasan arsitek Belanda bernama Ir. Frans Haak dan selesai pada 1787. Benteng ini diberi nama “Rustenburg” yang berarti benteng peristirahatan. Pada tahun 1867, terjadi gempa hebat di Yogyakarta dan mengakibatkan banyak bangunan yang runtuh, termasuk Rustenburg. Setelah runtuh Benteng Rustenburg diperbaiki dan namanya diganti menjadi “Vredeburg” yang berarti benteng perdamaian. Hal ini sebagai wujud simbolis manifestasi perdamaian antara pihak Belanda dan Keraton.