Museum Batik Pekalongan adalah museum batik yang beralamat di Jalan Jetayu No.1 Pekalongan, Jawa Tengah. Museum ini memiliki luas tanah dan bangunan 40 meter persegi dan memiliki 1149 koleksi batik, antara lain wayang beber dari kain batik yang berusia ratusan tahun dan alat tenun tradisional atau dikenal sebagai alat tenun bukan mesin. Museum Batik Pekalongan merupakan Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD).
Gedung museum ini sebelumnya adalah bekas kantor balai kota Pekalongan, pada masa penjajahan kolonial Belanda gedung tersebut merupakan kantor keuangan yang membawahi tujuh pabrik gula di karesidenan Pekalongan. Pada tahun 1972, terbentuk komunitas bernama Paguyuban Pecinta Batik Pekalongan (PPBP) yang digagas oleh masyarakat dan pembatik Pekalongan. Pada tanggal 29 Desember 2005 diadakan pertemuan forum bisnis Orang Pekalongan (OPEK) yang membahas tawaran Kota Pekalongan sebagai lokasi peringatan hari Koperasi Tingkat Nasional ke-59. Pembentukan lembaga museum batik melibatkan Yayasan Kadin Indonesia dengan pemerintah Kota Pekalongan, Yayasan Batik Indonesia, Paguyuba Berkah, Yayasan Kadin Kota Pekalongan, Paguyuban Pecinta Batik Pekalongan, serta pakar batik Asmoro Damais yang bersedia menjadi curator museum. Akhirnya pada tanggal 12 Juli 2006 museum ini diresmikan oleh Presiden Republik Indonesia, Susilo Bambang Yudhoyono bersamaan dengan perayaan Hari Koperasi Nasional ke-59. Museum batik ini dijadikan pusat data dan informasi mengenai batik; sebagai pusat riset dan pengembangan ilmu desain batik, perpustakaan dan acuan dalam hal perbatikan; mengkoleksi batik klasik, batik lawasan dan batik kontemporer.