Museum Wayang Kekayon adalah sebuah museum wayang yang berada di Kota Yogyakarta, tepatnya di Jl. Jogja-Wonosari Km.7 No.277, kurang lebih 1 km dari Jl. Majapahit (Ring Road Timur). Museum yang didirikan pada tahun 1990 ini memiliki koleksi berbagai wayang dan topeng serta menampilkan sejarah wayang yang diperkenalkan mulai dari abad ke-6 sampai abad ke-20. Wayang-wayang di dalam museum ini terbuat baik dari kulit, kayu, kain, maupun kertas.
Sama halnya dengan Museum Wayang di Jakarta, museum ini mempunyai beberapa jenis wayang, seperti: Wayang Purwa, Wayang Madya (menceritakan era pasca perang Bharatayuddha), Wayang Thengul, Wayang Klithik (mengisahkan Damar Wulan dan Minakjinggo), Wayang beber, Wayang Gedog (cerita Dewi Candrakirana), Wayang Suluh (mengenai sejarah perjuangan kemerdekaan Indonesia), dan lain lain. Berkaitan dengan wayang Purwa, museum ini memiliki beberapa poster yang menggambarkan strategi perang yang dipakai dalam perang Bharatayuddha antara keluarga Pandawa dan Kurawa, yaitu: strategi Sapit Urang dan strategi Gajah.