Koleksi Museum Situs Batujaya diantaranya adalah bangunan, struktur, ornamen, arca, materai (votive tablet) terakota, inskripsi, gerabah, arca, alat logam, perhiasan, keramik, tulang dan serbuk sari (pollen). Koleksi berjumlah 165 buah, terdiri atas artefak temuan dari Situs Batujaya dan beberapa dari Situs Cibuaya. Koleksi yang dipamerkan berupa keramik, votive tablet, amulet, bata berprofil, bata kunci, bata bercap kaki, bata bertulis, bata dari susunan stupa, pecahan kaca, manic-manik, arca, meriam, potongan kayu, kerangka manusia, gerabah (type buni). Dipamerkan juga beberapa buku yang mengulas penelitian dan penanganan Situs Batujaya. Museum Situs Batujaya digunakan untuk menyimpan dan sekaligus memamerkan temuan-temuan artefaktual. Koleksi yang dipamerkan di museum ini berjumlah + 176 buah artefak berupa keramik, gerabah, fosil tulang binatang dan fosil tumbuhan, replika kepala arca manusia, dan binatang, manik-manik kaca dan tanah liat (terakota), berbagai bentuk bata. Dipamerkan juga buku-buku yang berisi kepurbakalaan Situs Batujaya.