Bangunan ini merupakan bekas rumah atau tempat tinggal Bung Karno dan keluarga semasa pembuangan/ pengasingan di Ende oleh Pemerintah Hindia Belanda tahun 1934-1938 yang masih dijaga, dirawat dan dipertahankan keasliannya oleh Pemerintah Kabupaten Ende. Semua barang koleksi milik Bung Karno masih tersimpan dengan baik di dalam museum ini seperti : foto keluarga, foto pribadi Bung Karno, barang keramik, dua buah tongkat berkepala monyet, pulpen ukuran besar, piring nasi, cerek air minum, besi seterika, alat gantungan pakaian, lemari pakaian, tempat tidur besi, lukisan- lukisan dan masih banyak barang koleksi lainnya.
Di dalam Situs Rumah Bung Karno juga terdapat tempat sujud/ruang semedi dan tempat sembahyang/sholat yang selalu digunakan oleh Bung Karno bersujud kepada Tuhan Yang Maha Esa untuk memohon bantuan bagi Perjuangan Kemerdekaan bangsa Indonesia hingga membekas di lantai. Di belakang museum Bung Karno terdapat sebuah sumur dengan kedalaman 12 meter yang digunakan oleh Bung Karno untuk mandi, cuci dan minum serta wudhu. Konon air sumur ini dipercaya mempunyai khasiat untuk menyembuhan berbagai penyakit dan bisa membuat orang menjadi awet muda.