Museum Semarajaya merupakan museum khusus yang didirikan secara khusus sebagai pengingat peristiwa bersejarah perang “Puputan Klungkung”. “Puputan Klungkung” merupakan peristiwa yang berlangsung pada 28 April 1908 yang melibatkan masyarakat Bali dengan prajurit Belanda. Peristiwa ini menewaskan beberapa tokoh penting di Bali salah satunya adalah Ida I Dewa Agung Gede Jambe yang naik tahta Kerajaan Klungkung tahun 1904.
Museum ini menampilkan koleksi peninggalan Kerajaan Klungkung seperti peralatan upacara, rumah tangga, senjata dan juga hasil karya seni. Peresmian Museum Semarajaya dilaksanakan pada tanggal 28 April 1992 oleh Bapak Rudini selaku Menteri Dalam Negeri. Museum berada di bawah kepemilikan Pemerintah Kabupaten Klungkung dan dikelola oleh Dinas Kebudayaan,Kepemudaan dan Olahraga Kabupaten Klungkung.
Museum Semarajaya menggunakan bekas gedung Sekolah MULO (Sekolah Menengah Zaman Belanda) yang kemudian digunakan sebagai SMP Negeri 1 Klungkung yang terletak di dalam Kompleks Kertha Gosa/Taman Gili, Pemedal Agung yang merupakan pintu bekas Kerajaan Klungkung. Pemerintah Belanda membangun gedung tersebut pada 28 April 1908 tepatnya setelah Kerajaan Klungkung runtuh. Bangunan museum bergaya Belanda dan berpadu dengan gaya tradisional khas Bali.