Museum Samanhoedi pada awalnya adalah sebuah rumah produksi batik yang berada di daerah Laweyan, Solo. Tempat itu adalah bekas sebuah gudang batik. Berdirinya museum diharapkan akan membantu para wisatawan yang berkunjung di Kampoeng Batik Laweyan mengetahui perjuangan Samanhoedi dan sejarah kampung tersebut. Di museum ini dipajang gambar, foto, dan dokumen tentang revolusi batik, politik, pendirian Serikat Islam, peran pemerintah kolonial terhadap Serikat Islam, Samanhoedi dan Serikat Islam, serta Samanhoedi pada masa tua. Tidak jauh dari museum terdapat rumah pemberian mantan Presiden Republik Indonesia pertama, Soekarno, kepada keluarga Samanhoedi, pada 17 Agustus 1962. Rumah tersebut kini dihuni cucu Samanhoedi.
Sejarah dan peran Haji Samanhoedi dalam konteks panggung pergerakan nasional dengan setting kampung Laweyan dan perdagangan batik inilah yang menggugah pendiri Yayasan Warna Warni Krisnina untuk mengabadikannya dalam bentuk museum di Laweyan, Solo. Museum yang menempati bekas gudang batik ini diresmikan pada hari Jumat, 22 Agustus 2008 oleh Wali Kota Surakarta Ir. Joko Widodo.
Pendirian museum ini diilhami dan dilatarbelakangi oleh buku karya ahli Indonesia dari Jepang, Prof Takashi Shiraishi “Zaman Bergerak: radikalisme rakyat Jawa 1912-1926” (aslinya berjudul “An Age in Motion: Popular Radicalism in Java 1912-1926″).
Pada buku ini Takashi menceritakan peran batik Laweyan dan sejarah Sarikat Islam di mana Haji Samanhoedi menjadi sentral perhatian.
Namun, karena masa kontraknya habis dan terlambat diperpanjang akhirnya terpaksa dipindahkan. Pemerintah Kota Solo sangat mengapresiasi langkah Kelompok Sadar Wisata (Pokdarwis) Sondakan yang berinisiatif membuka kembali museum ini. Akhirnya, pada hari Jumat, 18 Mei 2012 diresmikan ulang.
Museum yang kini dikelola oleh Pokdarwis Kelurahan Sondakan, menempati Balai Samanhoedi yang berada di lingkungan Kantor Kelurahan Sondakan, Solo. Museum ini diharapkan menjadi sarana bagi masyarakat untuk mengenal lebih jauh sosok pendiri Serikat Dagang Islam itu