Sebagai bentuk perhatian Pemerintah, Provinsi Gorontalo menganggarkan dana pembangunan museum dengan lokasi awal seluas kurang lebih satu hektar melalui Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah sejak tahun 2010 untuk membangun sebuah museum. Struktur Organisasi Museum Purbakala Provinsi Gorontalo terbentuk pada bulan Januari 2015 melalui Peraturan Gubernur Nomor 59 Tahun 2014, kemudian diperbarui dengan Peraturan Gubernur Nomor 63 Tahun 2017 tentang Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) Museum Purbakala Provinsi Gorontalo. Museum Purbakala Provinsi Gorontalo merupakan UPTD Dinas Pendidikan Kebudayaan Pemuda Dan Olahraga Provinsi Gorontalo. Jenis koleksi yang ditampilkan terdiri dari etnografika, numismatika, filologika, dan seni rupa. Koleksi yang ada di museum ini berkaitan dengan sejarah dan budaya di Provinsi Gorontalo.
Pembangunan museum ini diharapkan dapat menjadi media edukasi bagi masyarakat mengenai sejarah perkembangan Provinsi Gorontalo. Selain itu, museum juga menjadi media informasi mengenai keragaman budaya yang ada di Provinsi Gorontalo dan sebagai upaya melestarikan kebudayaan Gorontalo.