Museum Etnobotani diresmikan oleh Prof. Dr BJ Habibie pada tahun 1982. Kata Etnobotani terdiri dari dua kata yaitu etno yang berarti etnis dan botani berarti tumbuhan. Museum Etnobotani memiliki 2.000 artefak etnobotani dari berbagai diorama pemanfaatn flora. Etnobotani berarti suatu ilmu yang mempelajari pemanfaatan tumbuhan oleh suku bangsa tertentu untuk kepentingan sehari-hari. Museum Etnobotani menyimpan berbagai macam tanaman dari penjuru nusantara serta budayanya. Tujuan museum ini untuk melestarikan flora dan budaya Indonesia yang beragam serta sebagai sarana informasi sekitar ruang lingkup etnobotani. Gagasan mendirikan museum ini pertama kali dicetuskan pada tahun 1962 oleh Prof Sarwono Prawiroharjo (Ain) yang pada saat itu adalah Ketua LIPI. Pengembangan museum ini bertahap dengan target lima tahun pembangunan. Koleksi museum terdiri dari alat-alat rumah tangga, bahan sandang, pangan dan obat-obatan tradisional, macam-macam kerajinan, alat musik, untuk mencapai museum ini cukup berjalan kaki sekitar 10 menit dari Kebun Raya Bogor, alternatif lain bisa menggunakan becak dari kawasan Kebun Raya Bogor.
Museum Etnobotani memiliki sekitar 2000 artefak dari berbagai daerah di Indonesia. Setiap kaca pamer menampilkan koleksi berdasarkan jenis tumbuhan dan pemanfaatannya. Ada beberapa koleksi yang disatukan berdasarkan daerah, seperti area lontar. Pengunjung dapat melihat pemanfaatan daun lontar yang menjadi bahan primadona suku-suku di daerah Nusa Tenggara Timur dalam membuat aneka kerajinan, seperti wadah air sampai alat musik sasando. Selain koleksi yang diletakan dalam kaca, ada pula koleksi yang dibiarkan terbuka. Sehingga pengunjung bisa leluasa melihat. Sebut saja bagian pameran tenun, di area ini ditampilkan beragam alat tenun yang terbuat dari kayu. Sementara di area kaca, ada seperti area daun pandan dan pemanfaatannya menjadi keranjang, kursi, serta benda rumah tangga lainnya. Bahkan serupa dengan bagian rotan dan kayu. Uniknya, di bagian kayu, ditampilkan pakaian yang terbuat dari kulit kayu. Ada pula area pamer pemanfaatan tumbuhan untuk jamu. Serta pembuatan tempe dengan ragi dan kedelai. Lalu replika rumah-rumah adat menggunakan tumbuhan seperti rumah adat suku Timor yang menggunakan lontar. Pengunjung juga bisa melihat pemanfaatan batok kelapa, bambu, teknik pewarnaan batik dengan bahan alami, aneka kain tenun, dan masih banyak tumbuhan dan kreasinya. Satu hal yang pasti bersiap-siaplah terkagum-kagum dengan segala kreativitas para nenek moyang suku-suku di Indonesia.