Museum Gumuk Pasir (bahasa Jawa: ꦩꦸꦱꦶꦪꦸꦩ꧀ ꦒꦸꦩꦸꦏ꧀ ꦥꦱꦶꦂ, translit. Musiyum Gumuk Pasir) adalah museum yang terletak di Pantai Parangtritis dan Pantai Parangkusumo, tepatnya di Kecamatan Kretek, Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta. Museum ini didirikan melalui perjanjian kerjasama antara Badan Koordinasi Survei dan Pemetaan Nasional dengan Fakultas Geografi Universitas Gadjah Mada sejak tahun 1992. Museum Gumuk Pasir kemudian berdiri secara resmi pada tanggal 1 September 2000, bertepatan dengan ulang tahun ke 37 Fakultas Geografi Universitas Gajah Mada (UGM) dan kemudian diresmikan oleh Ir. Sarwono Kusumaatmadja.
Gumuk Pasir Parangtritis menjadi salah satu warisan dunia (world heritage) dengan membentuk endapan pantai yang mencapai ketinggian 20 mpl. Hanya ada 4 negara di dunia yang memiliki gunung pasir, salah satunya di Indonesia. Selain sebagai laboratorium alam berbagai cabang ilmu kebumian, ekosistem yang khas yang dibentuk Alam Gumuk Pasir juga merupakan sebuah fenomena.Koleksi dari museum ini meliputi batu-batuan mineral, herbarium Pantai Parangtritis (Laquek Feel), foto, maket, jenis pasir, karang, binatang laut, dan CD tipologi pantai Indonesia.
Awal pendirian Museum Gumuk Pasir diprakarsai adanya Perjanjian Kerjasama antara Badan Koordinasi Survei dan Pemetaan Nasional (Bakosurtanal) bersama Fakultas Geografi Universitas Gadjah Mada (UGM) pada tahun 2001, dengan tujuan untuk pelestarian keberadaan Gumuk Pasir Barchan di Parangtritis. Berawal dengan nama LGPP, keberadaan LGPP untuk pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang data dan informasi lingkungan serta sumberdaya wilayah sesuai dengan perjanjian kerjasama yang diperbaharui pada tahun 2007.
Hingga pada tahun 2015, Laboratorium Geospasial Pesisir Parangtritis berganti nama menjadi Parangtritis Geomaritime Science Park (PGSP). Perjanjian kerjasama yang terjalin diperbaharui pada tahun 2016 dengan memperkuat keberadaan Museum Gumuk Pasir. Salah satu misi PGSP adalah melakukan riset kolaboratif dan melakukan komersialisasi hasil riset untuk meningkatkan peran Museum Gumuk Pasir sebagai sarana pembelajaran. Berbekal adanya perjanjian kerjasama antara Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta, Badan Informasi Geospasial (BIG), Universitas Gadjah Mada (UGM), dan Pemerintah Kabupaten Bantul, saat ini Museum Gumuk Pasir menjadi bagian dari Parangtritis Geomaritime Science Park dalam pengelolaan dan pengembangan terkait hasil-hasil riset, pengetahuan geospasial, serta wawasan dalam bidang kepesisiran dan kemaritiman. Berlokasi di Kawasan Kagungan Dalem Gumuk Pasir semakin meneguhkan Museum Gumuk Pasir untuk memberikan edukasi utamanya mengenai Gumuk Pasir.