Museum Geopark Batur merupakan museum khusus yang pada awalnya bernama museum Gunungapi Batur. Museum ini dibangun atas kerjasama antara Direktorat Vulkanologi dan Mitigasi Bencana Geologi, Direktorat Jenderal Geologi dan Sumber Daya Mineral, Departemen Energi dan Sumber Daya Mineral; dengan Badan Perencana Pembangunan Daerah Kabupaten Bangli. Museum ini dibangun di wilayah Taman Wisata Alam Panelokan seluas 1,09 ha.
Peletakan batu pertama pembangunan Museum Gunungapi Batur dilakukan tanggal 26 Maret 2004 oleh Direktur Jenderal Geologi Sumber Daya Mineral Departemen Energi dan Sumber Daya Mineral, Gubernur Bali, dan Bupati Bangli, serta diresmikan tanggal 10 Mei 2007 oleh Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral. Mulai tanggal 22 Desember 2011, perencanaan, pelaksanaan sampai evaluasi, serta pengembangannya menjadi tanggung jawab pusat. Museum Gunungapi Batur ini kemudian dikembangkan untuk menjadi Museum Geopark Batur.
Museum Geopark Batur mulai dibangun setelah kawasan Kaldera Batur diterima sebagai anggota jejaring geopark global UNESCO (kini UGG: UNESCO Global Geoparks) pada September 2012. Pembangunan Museum Geopark Batur dilakukan dalam beberapa tahap, yaitu: Perencanaan, Juni – Agustus 2013, Pembangunan Fisik Gedung, Agustus– Desember 2013; Perencanaan Interior dan Sistem Pameran, Maret 2014 – Mei 2014, dan Pembangunan Fisik Interior, Juni 2014 – Desember 2014. Dengan telah selesainya pembangunan Museum Geopark Batur, maka Museum Gunungapi Batur melebur ke dalam Museum Geopark Batur. Informasi aspek kebencanaan dan manfaat Gunungapi Batur merupakan peragaan utama keragaman geologi kegunungapian di dalam Museum Geopark Batur.