Unit Pelaksana Teknis (UPT) Museum Daerah NTT didirikan pada 1977/1978. Melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan 9 Januari 1991 museum tersebut ditetapkan sebagai Museum Negeri Provinsi NTT dan menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT). Pada 1999/2000, maka status Museum Negeri Provinsi NTT berubah menjadi Museum Daerah NTT dan dengan demikian menjadi UPT Daerah (UPTD) yang bertanggungjawa kepada Pemerintah Daerah Povinsi NTT dan bernaung di bawah pembinaan Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi NTT.
Museum memiliki luas lahan sekitar 3 ha dan berada di pusat Kota Kupang. Museum ini berjarak sekitar 4 km dari Bandar Udara El Tari Kupang atau sekitar 10 menit dengan kendaraan roda empat.
Museum Daerah Provinsi NTT didirikan sebagai “rumah” yang menampung berbagai benda alam dan budaya masyarakat NTT sebagai pusat informasi budaya, sejarah dan peradaban. Adapun misi museum ini menekankan peran untuk menyelamatkan, memelihara, memanfatkan benda-benda warisan sejarah alam dan budaya masyarakat NTT untuk memperkuat identitas diri, mendorong kreativitas, memupuk toleransi, menunjang pendidikan dan pariwisata serta menampilkan kekayaan budaya daerah NTT ke ajang yang lebih luas.
Koleksi Museum NTT Koleksi Museum Daerah NTT memiliki 10 jenis koleksi dengan jumlah 8999 koleksi yang berasal dari kelompok-kelompok etnis yang mendiami 14 kabupaten dan kota di Wilayah Provinsi NTT. Koleksi museum yang diperoleh dari hibah, ganti rugi/pembelian, dan bentuk lainnya berupa benda-benda arkeologi, biologi, geografi, etnografi, historis, numismatik, heraldik, senirupa, filologi, dan teknologi. Sebagian koleksi dipamerkan pada ruang pamer tetap. Ruang Pameran Tetap Museum Daerah NTT telah mendapatkan dana revitalisasi dari APBN Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan pada anggaran 2014, sehingga tata pamernya telah mengalami perubahan dan didesain sedmikian rupa sehingga diharapkan penataan tata pamer akan dapat meningkatkan pelayanan terhadap pengunjung museum.