Museum Biologi UGM adalah museum khusus atau museum pendidikan yang memiliki benda-benda hayati dan benda-benda lainnya yang berhubungan dengan lingkungan hidup. Museum Biologi UGM dirintis semenjak terbentuknya Museum Zoologicum pada tahun 1964. Ditempatkan di salah satu ruang kuliah Universitas Gajah Mada di Sekip, Sleman, Yogyakarta. Museum dipimpin oleh Porf. Drg. R.G. Indroyono. Koleksi Herbarium ditempatkan di sebagian ruang gedung di Jl. Sultan Agung 22, Yogyakarta dan dipimpin oleh Prof. Ir. Moeso Suryowinoto.
Museum Biologi dan koleksi Herbarium dikelola oleh Fakultas Biologi , Universitas Gadjah Mada. Ketika itu masih bertempat di Ndalem Mangkubumen, Ngasem, Yogyakarta, yang lebih dikenal dengan nama Fakultas-fakultas Kompleks Ngasem. Koleksi binatang dan tumbuhan pada waktu itu berasal dari ilmuwan dan karyawan terutama seksi zoologi, anatomi dan botani.
Pada tanggal 1 Januari 1970 museum resmi dibuka untuk umum dan pada tahun 1972 bergabung dengan Barahmus DIY. Koleksi museum dipamerkan dalam delapan ruang yang terbagi menjadi beberapa jenis yaitu koleksi binatang dan koleksi tumbuhan.