Museum Paleoantrolopogi adalah museum khusus yang mengoleksi fosil dan artefak dalam bidang antropologi, arkeologi, dan geologi. Letak museum berada di Laboratorium Bioantropologi dan Paleoantropologi, Fakultas Kedokteran, Universitas Gadjah Mada. Museum ini dibangun pada tahun 1986. Gagasan pembangunan museum diberikan oleh T. Jacob. Informasi yang disajikan di dalam museum berkaitan dengan tiga faktor yang mempengaruhi kehidupan manusia, yaitu lingkungan, budaya, dan manusia itu sendiri. Museum Paleoantropologi menmberikan dan membagi materi pameran ke dalam beberapa jenis yaitu keanekaragaman hayati, filogeni, paleonatropologi, evolusi, situs prasejarah dan fosil.
Materi keanekaragaman hayati dibagi lagi menjadi materi sejarah hayati, pohon hayati, serta perbedaan ciri manusia dan kera. Sedangkan materi filogeni dibagi menjadi filogeni hewan, filogeni manusia, dan ontogeni. Pembagian materi paleoantropologi hanya didasarkan pada luas lingkupnya, yaitu paleoantropologi Indonesia dan paleoantropologi dunia. Materi evolusi hanya berkaitan tentang perkembangan alat-alat budaya. Materi situs prasejarah juga hanya dibedakan menurut kawasan yaitu di Indonesia dan di dunia. Sedangkan materi fosil dibedakan menjadi fosil hewan purba dan fosil-fosil manusia purba.
Gedung Laboratorium Bio- & Paleoantropologi pertama kali berdiri tahun 1989, diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Prof. Dr. Fuad Hasan bersamaan dengan hari Peringatan 100 Tahun Paleoantropologi Indonesia tanggal 9 September 1989.Pada tahun 2007 dengan dukungan dana dari Yayasan Keluarga Hashim S. Djojohadikusuma (YKHD) merenovasi gedung dan museum LBP. Peresmian gedung baru LBP setelah direnovasi dilaksanakan pada tanggal 22 Juli 2007 bersamaan dengan penyelenggaraan seminar internasional paleoantropologi “International Seminar on Southeast Asian Paleoanthropology” dengan dukungan Fakultas Kedokteran dan Universitas Gadjah Mada dan dana dari YKHD.