Museum Bahari Ende resmi berdiri sejak 14 Agustus 1996 yang digagas, didirikan, dan dikelola oleh Pater Gabriël Goran, SVD. Karena keciantaannya kepada laut membuat Pater Gabriël mulai mengoleksi kekayaan laut Nusantara sejak tahun 1981. Peletakan batu pertama dilakukan pada 9 Maret 1996, sementara peresmiannya dilakukan pada 14 Agustus 1996 oleh Bupati Ende Frans Geo Davolo.
Museum Bahari terletak di jalan Mohamad Hatta, kira-kira 100 meter dari taman kota, di sini dapat dilihat kerangka/tulang ikan Paus, lumba-lumba, anjing laut, aneka jenis reptile, terumbu karang dan sejenis ubur-ubur.
Selain spesies-spesies laut/air, museum bahari juga mengoleksi beberapa jenis binatang/hewan yang memiliki keunikan seperti ayam berkaki tiga, berkaki empat yang telah diawetkan. Museum Bahari juga sering digunakan oleh kalangan Pelajar dan Mahasiswa di sekitar Kota Ende sebagai sarana/fasilitas pendukung kegiatan pembelajaran/penelitian.
Di Museum Bahari Ende dapat Anda nikmati sekitar 22.000 benda koleksi bukti kekayaan laut Nusantara terutama sekitaran Nusa Tenggara. Hingga kini ada 1.000 jenis spesies karang dan 300 spesias ikan dapat Anda amati di museum ini. Ruangan museumnya lengkap dengan aneka koleksi laut yang tertata. Berbagai koleksi itu ada yang sudah jarang ditemukan dan bahkan tidak ditemukan lagi karena punah.
Koleksi di Museum Bahari Ende dapat dikatakan yang terlengkap di Indonesia. Diantaranya adalah: pisces (ikan), crustacea (udang, kepiting, dan lobster), mollusca (kerang laut), enchinodermata (teripang bulu babi), reptilia laut (penyu laut), mamalia (ikan paus), hingga algae (rumput laut yang sudah diolah). Pelajar di Ende telah menjadikan museum ini sebagai sarana pendidikan dan menanamkan kesadaran untuk menjaga, melindungi, memelihara dan melestarikan lingkungan laut.