Museum ini memiliki lebih dari 5.000 koleksi yang kebanyakan merupakan peninggalan dari zaman penjajahan Belanda, ketika FK UI masih bernama School tot Opleiding van Indische Artsen (STOVIA).
Koleksi ini berupa spesimen kedokteran dan benda-benda peninggalan (artefak) berupa alat bantu pendidikan kedokteran, video, dan media directory.
Koleksi langka ini diklaim merupakan koleksi spesimen kedokteran terlengkap yang ada di Indonesia dan ditampilkan dalam kotak-kotak kaca di dalam bagian area Medical Education Journey in Indonesia.
iMuseum juga mempunyai area lainnya, yaitu Health Education (informasi siklus kehidupan manusia) serta area Medical Collection (Informasi spesimen, anatomi, dan peralatan kedokteran masa lampau)
Juga terdapat area Lobby (informasi tentang proses penurunan sifat yang diperankan oleh DNA), Edutainment (area edukasi sederhana mengenai pemahaman tubuh manusia), dan Etalase (area Benda-benda peninggalan alat bantu pendidikan kedokteran).
Selain itu, museum ini memiliki teknologi 3D human visualization table, sebuah mesin media pembelajaran terkini,dan satu-satunya di Asia Tenggara.
Mesin ini memungkinkan para mahasiswa melakukan simulasi operasi internal dalam tubuh manusia melalui pencitraan 3 dimensi anatomi tubuh manusia yang ditampilkan alat ini.
Pembangunan museum ini merupakan wujud pengabdian kepada masyarakat dari FKUI, di bidang pendidikan kesehatan dan ilmu kedokteran.
Museum terbuka untuk umum dengan jam operasional Selasa – Jumat (Pk.9.00-17.00), dan Sabtu (Pk.9.00-14.00), sedangkan Minggu, Senin dan hari libur nasional tutup.