Museum Affandi (bahasa Jawa: ꦩꦸꦱꦶꦪꦸꦩ꧀ꦄꦥ꦳꧀ꦥ꦳ꦤ꧀ꦢꦶ, translit. Musiyum Affandi) merupakan salah satu museum seni di Daerah Istimewa Yogyakarta, Indonesia. Museum yang berada di tepi Sungai Gajah Wong ini menyimpan berbagai macam lukisan karya Affandi. Selain itu, museum ini juga menyimpan banyak benda peninggalan Affandi lainnya seperti mobil, sepeda onthel dan masih banyak lagi.
Museum Affandi terletak di Jalan Laksda Adisucipto nomor 167 dan menempati lahan seluas 3.500 m2 yang terdiri atas bangunan museum yang terdiri dari empat galeri beserta bangunan pelengkap seperti tempat pembelian tiket, dua studio, dan bangunan rumah tempat tinggal pelukis Affandi dan keluarganya. Rumah Affandi ini mempunyai atap berbentuk pelepah pisang, dan terdiri dari dua lantai dengan lantai bawah untuk ruang tamu dan garasi sedangkan lantai atas yang sebagai kamar pribadi Affandi. Sekarang rumah ini berfungsi menjadi Kafe Loteng yang dapat dikunjungi pengunjung. Pembangunannya dilakukan secara bertahap serta dirancang sendiri oleh Affandi.
Selain 300 karya lukisan Affandi sendiri, dalam museum ini juga tersimpan lukisan dari para pelukis Indonesia lainnya, antara lain: Basuki Abdullah, Popo Iskandar, Sudjojono, Hendra Gunawan, Barli Sasmitawinata, dan Mochtar Apin.[6] Selain itu terdapat patung karya Amrus Natalsya, dan cukil kayu poles karya keluarga Tjokot