Museum Negeri Maluku “Siwalima” didirikan pada 1973. Bangunan museum didirikan di atas bangunan lama, yaitu bekas gedung kesenian yang dibangun pada 1960 dengan gaya arsitektur modern dan bangunan baru hasil perluasan bangunan lama. Peresmian museum dilakukan pada 26 Maret 1977.Secara harfiah Siwalima terbentuk dari kata Siwa (sembilan) dan Lima (lima). Kedua terminologi ini menunjukkan pemisahan atau pembagian masyarakat atas dua kelompok sosial, yaitu kelompok sembilan dan kelompok lima.
Beberapa aspek budaya dapat dipakai sebagai indikator untuk membedakan siwa dan lima, misalnya arsitektur, upacara daur hidup, dan lain-lain. Adanya kesatuan atau pertalian antara keduanya, misalnya bahasa, mitologi, asal-usul, sistem kepercayaan, tentang proses terjadinya pemisahan ini masih memunculkan berbagai pendapat dan argumentasi. Di era otonomi daerah status Museum Provinsi Maluku berada di bawah instansi Unit Pelaksana Teknis Daerah Dinas Pendidikan.Koleksi museum terdiri atas koleksi biologi, etnografi, arkeologi, sejarah, numismatik/heraldik, filologi, keramik, senirupa/senikarya, dan teknologi. Jumlah koleksinya mencapai 5684.