Museum Hakka Indonesia dibagi menjadi tiga bagian – Museum Tionghoa Indonesia, Museum Hakka Indonesia, dan Museum Yongding Hakka Indonesia.
Karena sejarah Hakka di Indonesia merupakan bagian yang tidak terpisahkan dari sejarah Tionghoa Indonesia, maka sudah sewajarnya untuk menyajikan terlebih dahulu sejarah Tionghoa Indonesia, disusul dengan sejarah Hakka Indonesia.
Sementara itu, penduduk Hakka Yongding merupakan sebagian besar penduduk Hakka di Indonesia, di antaranya, banyak di antaranya adalah apoteker. Nenek moyang mereka tinggal di ‘Tulou’, tempat tinggal mereka yang unik, di tanah pegunungan Yongding Fujian. Museum ini meniru salah satu penduduk asli Tulou yang dikenal sebagai ‘Zheng Cheng Lo
Museum Hakka Indonesia merupakan salah satu museum yang berada di kompleks Taman Mini Indonesia Indah (TMII). Museum ini terletak di depan Museum Listrik dan Energi Baru. Museum Hakka Indonesia memiliki bangunan bundar mirip benteng berwarna kuning pucat di seberang danau kecil. Pintu masuk coklat dari kayu jati siap mengantarkan ke dalam lembaran sejarah Tionghoa Indonesia. Museum ini diresmikan oleh Presiden Republik Indonesia periode 2009-2014, Susilo Bambang Yudhoyono pada tanggal 30 Agustus 2014. Berdiri di atas tanah seluas 5.000 meter, bangunan ini mengambil konsep rumah tradisional Tulou yang terkenal, yaitu Zhenceng Lou, yang terletak di Yonding Fujian, Tiongkok Selatan.
Sejarah Hakka Indonesia merupakan bagian yang tidak dapat terpisahkan dengan sejarah Tionghoa di Indonesia. Menurut Surikin (dalam nationalgeographic.grid.id), nama museum Hakka Indonesia diambil dari nama subsuku Han yang bermigrasi dari Tiongkok bagian utara menuju Tiongkok bagian selatan. Hakka sendiri dalam bahasa Indonesia berarti tamu atau pendatang. Dari sejarahnya, bangsa Tionghoa sudah menjadi tamu dan hidup di banyak negara seperti Arab, India bahkan Nusantara.
Di dalam museum Hakka Indonesia, terbagi untuk tiga ruang pamer yakni Museum Tionghoa Indonesia, Museum Hakka Indonesia, dan Museum Yongding Hakka Indonesia. Museum ini menyimpan koleksi-koleksi yang berhubungan dengan Tionghoa pada umumnya dan suku Hakka pada khususnya. Semua koleksi berasal dari sumbangan dari warga peranakan Hakka Tionghoa yang tinggal di Indonesia dan juga didatangkan langsung dari Tiongkok.