Sambil menunggu realisasi Wisma Seni Nasional, Prof. Dr. Fuad Hasan ( waktu menjabat sebagai Menteri Pendidikan dan Kebudayaan ) memprakarsai renovasi gedung utama tersebut menjadi Gedung Pameran Seni Rupa Depdikbud, sebagai sarana aktivitas dan apresiasi seni rupa yang diresmikan pada tahun 1987.
Melalui prakarsa Ibu Prof. Edi Sedyawati ( waktu itu sebagai Direktur Jendral Kebudayaan ) diperjuangkan secara intensif pendirian Galeri Nasional Indonesia tahun 1995. Akhirnya pada tahun 1998 telah di setujui melalui surat persetujuan Menko Pegawasan Pembangunan dan Pendayagunaan Aparatur Negara No. 34 / MK.WASPAN / 1998. Selanjutnya ditetapkan melalui Kepmendikbud No.099a/0/1988 dan diresmikan operasionalnya pada tanggal 8 Mei 1999 oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, Bpk. Yuwono Sudharsono.
Struktur awal organisasi GNI ( Kepmendikbud No. No.099a/0/1988 ) mengalami beberapa kali perubahan , terakhir ketika GNI berada dibawah Departemen Kebudayaan dan Pariwisata, maka SK GNI dirubah menjadi Kepmendikbud Nomor PM.41/OOT.001/MKP-2006.
Organisasi tata kerja Galeri Nasional Indonesiasaat ini berdasarkan Permendibud Nomor 72 Tahun 2012 merupakan unit pelaksanan teknis dilingkungan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Kebudayaan.
Galeri Nasional indonesia menyimpan,menghimpun dan memamerkan karya seni rupa seperti lukisan,sketsa ,grafis,patung,keramik,fotografi,seni kriya dan seni instalasi.saat ini Galeri Nasional indonesia memiliki sekitar 1785 koleksi karya seniman Indonesia dan manca negara,antara lain;Raden Saleh,Hendra Gunawan,Affandi,S. Sudjojono,Basoeki Abdullah,Barli Sasmitawi Nata,Trubus ,Popo Iskandar,Ahmad Sadali,Nashar,Soedarsono,Sunaryo,Amrus Natalsya,Hardi,Heri Dono,Dede Eri Supria,Ivan Sagita,FX. Harsono,Lucia Hartini,Irlantine Karnaya,Hendrawan Kanaryo,Nyoman Gunarsa, Made Wiyanta,Ida Bagus Made, I Ketut Soki, Wassily Kand insky (Rusia), Hans Hartung (Jerman), Victor Vassarely (Hongaria), Sonia Delauney (Ukraina), Pierre Saulages (Parncis), Zao Wou Ki (China). Selain itu terdapat karya seniman dari sudan , India, Peru, Cuba, Vietnam,Myanmar dan lain-lain.
Ruang lingkup kegiatan Galeri Nasional yaitu,melaksanakan pameran (permanen, temporer, keliling), melaksanakan preservasi (konservasi, restorasi), akuisisi dan dokumentasi , seminar, diskusi, workshop, performance art, pemutaran film / video ( screening) , festival, lomba, dan lain-lain yang berkenan dengan peningkatan pemahaman, keterampilan dan apresiasi seni rupa. Galeri Nasional Indonesia juga memberikan pelayanan riset koleksi dan pemanduan ( guilding ) untuk pelajar, mahasiswa dan masyarakat umum.